La història del Municipi de Sant Joan de Labritja és comú a la de la resta de l’illa.

Així, es coneix que els primers humans podrien haver arribat a les illes d’Eivissa i Formentera cap el 5.000 anys a.C. Però les evidències més  antigues daten del 2.000 a.C.

A l’illa d’Eivissa existeixen alguns enclavaments amb restes arqueològiques que daten del 1.500 a.C. aproximadament.

Encara que mai arribaren a instal·lar-se a Eivissa i Formentera, els grecs ja coneixien la bellesa d’aquests illes i varen ser ells precisament qui les batejaren com “illes Pitiüses”, que vol dir illes del pins.

Eivissa va ser poblada pels cartaginesos en el s.VII a.C., els quals la varen anomenar Ibosim i, gràcies a la seva excel.lent posició estratègica, es va convertir en un important punt comercial de la Mediterrània Occidental.

Quan Cartago va ser destruïda per les forces de Roma (després de la 2ª. Guerra Púnica), Eivissa va passar a se l’Ebusus dels romans cap el s. I després de Crist.

El nom que li varen atribuir els romans a l’illa va durar més de cinc segles.

En el s.V Eivissa i Formentera resten sota l’Imperi Vàndal Nord-africà de Genserico, però la presència vandàlica no deixa molta empremta a les illes.

A l’any 534 les Pitiüses i la resta de les Illes Balears són ocupades pels bizantins, poble que va combatre als vàndals que ocupaven l’illa.

Els musulmans arribaren a les Pitiüses a principis del s. VIII, però fou a l’any 902 quan Yebisah (Eivissa) va passar sota el poder del Califat de Còrdova.

Des d’aquest moment, la illa passà a dependre administrativament de Mallorca i, a més a més de Còrdova.

Tota l’illa està impregnada del pas dels àrabs. Els musulmans poblaren Eivissa, enriquint notablement la seva agricultura, les obres hidràuliques i la seva cultura. Encara avui podem trobar en les Pitiüses nombrosos topònims que tenen la seva arrel a partir de la presència àrab.

El 8 d’agost de 1.235 va tenir lloc la conquesta catalana per part de en Jaume I el Conquistador. L’expedició que conquerí l’illa als àrabs va ser encapçalada per  l’arquebisbe electe de Tarragona, Guillem de Montgrí, auxiliat per Nuno Sanç, el Comte de Rosselló i l’infant Pere de Portugal, que després repartirien les Pitiüses de forma proporcional a l’esforç aportat per cada un en la conquesta. Una d’aquestes parts va ser anomenat Quartó de Balansat, en el qual, avui en dia hi està ubicat el Municipi de Sant Joan de Labritja.

Amb la conquesta catalana, les Pitiüses  es reincorporaven al Cristianisme i al món occidental. La majoria dels antics pobladors islàmics varen ser reemplaçats per catalans. Ràpidament es va instaurar un òrgan d’autogovern per tota l’illa: la Universitat, similar a un ajuntament.

En aquesta època les incursions pirates eren freqüents, per la qual cosa es varen construir les característiques esglésies rurals amb aspecte de fortalesa.

També va ser la Universitat qui va decidir construir les primeres Torres de Defensa en el s. XVI.

Tota aquesta època acabà en el s. XVIII, a causa de la Guerra de Successió a la Corona espanyola.

La victòria de Felip V en aquella guerra i la implantació del Decret de Nova Planta va dur conseqüències molt perjudicials per a la cultura insular, ja que totes les illes quedaren incorporades “per dret de conquista” al sistema castellà. Totes les seves singularitats, inclosa la Universitat, varen ser suprimides.

Des d’aquella època fins pràcticament l’any 1.960 la illa no va conèixer canvis socials o econòmics d’importància.

L’arribada del Turisme de masses en aquella dècada i l’apertura de l’aeroport d’Eivissa l’any 1.958 representaren una fita històrica imporant. La massiva arribada de turistes i emigrants peninsulars va modificar una societat i una cultura que havien subsistit durant cents d’anys.